1995年4月，在广东省科委批准下，以广州医学院、中山医科大学为技术依托，深圳友谊医院成立了广东省窥镜外科研究开发中心深圳中心。自此，深圳最早开展微创外科研究及临床实践的医院产生了。

泌尿微创外科

结石病微创治疗中心为本院微创外科拳头重点科室。该中心引进具有国际一流水平的德国“wolf”全套微创设备，由广州医学院第一附属医院微创中心及享誉国内外的广州医学院微创专家吴开俊、李逊、刘衍民等组成的专家组进行技术指导和会诊手术。中心应用21世纪的高新科技，使用输尿管镜、经皮肾镜、膀胱镜、膀胱碎石镜、腔内弹道碎石设备、体外震波碎机、腹腔镜、胆道镜等一系列窥镜技术设备诊治相关结石疾病，积累了大量丰富的手术经验，其效果处于国内领先水平。近10年来，中心已为2万多例结石患者成功施治，并创下微创取石6项国际国内记录，具有病例数多、手术成功率高、合并症少等特点，在深圳乃至全国都享有崇高的声誉，享有“国际华佗”之美称。

肝胆微创外科

肝胆微创外科成立于1995年，为我院振华（ZH）微创中心三大拳头科室之一，也是深圳最早开展微创治疗的肝胆特色科室。其主要诊治肝、胆、胰、脾外科疾病、门静脉高压症及微创外科等。科室技术力量雄厚、专家云集，拥整套美国进口电脑控制多电极射频消融仪、术中彩色B超、胆道镜、C型臂X光机、电视腹腔镜以及现代化的层流手术室等先进设备及医务工作人员26人，其中，教授1人，主任医师2人，副主任医师6人。医院作为广州医学院微创外科深圳中心，其与广州医学院建立了长期性技术交流与合作关系，并长年邀请广医专家组领导亲临医院会诊讲学。自成立，科室已为2万多名肝胆系统疾病患者成功解除了痛苦，其中腔镜手术患者逾万例，多项手术创国内外纪录，处国内领先水平。